EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology

Table 2 Empirical type I error rates and power of the proposed bootstrap-based (BS) test versus the dynamic correlation (DC) and cross-correlation function (CCF) to detect pairwise dependency under the dependency Pattern II. The power refers to the probability of detecting the interaction when the interaction really exists.

From: Transition Dependency: A Gene-Gene Interaction Measure for Times Series Microarray Data


Replicates	Time points			DC	CCF		DC	CCF
2	7	0.00	0.084	0.057	0.038	0.076	0.038	0.032
		0.05	0.077	0.048	0.036	0.066	0.051	0.042
		0.10	0.078	0.053	0.045	0.095	0.059	0.041
		0.15	0.125	0.046	0.038	0.122	0.044	0.038
2	10	0.00	0.059	0.053	0.047	0.058	0.033	0.039
		0.05	0.087	0.050	0.040	0.063	0.039	0.043
		0.10	0.086	0.047	0.032	0.102	0.043	0.040
		0.15	0.152	0.049	0.039	0.157	0.048	0.037
3	7	0.00	0.059	0.052	0.028	0.074	0.045	0.040
		0.05	0.085	0.048	0.045	0.070	0.049	0.042
		0.10	0.106	0.057	0.052	0.099	0.052	0.040
		0.15	0.137	0.037	0.031	0.137	0.053	0.041
3	10	0.00	0.049	0.054	0.041	0.045	0.041	0.045
		0.05	0.081	0.050	0.042	0.051	0.047	0.043
		0.10	0.116	0.048	0.037	0.126	0.040	0.032
		0.15	0.222	0.045	0.036	0.217	0.043	0.051
5	7	0.00	0.065	0.049	0.035	0.059	0.056	0.050
		0.05	0.073	0.055	0.044	0.071	0.057	0.051
		0.10	0.131	0.058	0.044	0.114	0.050	0.043
		0.15	0.203	0.053	0.052	0.239	0.049	0.039
5	10	0.00	0.042	0.049	0.048	0.052	0.049	0.047
		0.05	0.094	0.058	0.058	0.064	0.045	0.040
		0.10	0.186	0.044	0.054	0.181	0.041	0.049
		0.15	0.475	0.058	0.042	0.516	0.060	0.054

The symbol denotes the number of bootstrap samples generated for each gene. The symbol denotes the deviation parameter.

Back to article page