Is Bagging Effective in the Classification of Small-Sample Genomic and Proteomic Data?

Vu, TT; Braga-Neto, UM

doi:10.1155/2009/158368

EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology

Table 1 Expected classification error of selected experiments for breast cancer gene-expression data under two different features selection methods (t-test and RELIEF) for .

From: Is Bagging Effective in the Classification of Small-Sample Genomic and Proteomic Data?

Rule	FS		Single
DLDA	t-test	20	0.202	0.215	0.208	0.206	0.204	0.204	0.204	0.204	0.203	0.204	0.203
DLDA	t-test	40	0.198	0.205	0.201	0.200	0.200	0.199	0.199	0.199	0.199	0.199	0.199
DLDA	RELIEF	20	0.202	0.215	0.207	0.206	0.204	0.204	0.204	0.203	0.203	0.203	0.203
DLDA	RELIEF	40	0.198	0.206	0.201	0.201	0.200	0.200	0.199	0.199	0.199	0.199	0.199
LDA	t-test	20	0.212	0.237	0.224	0.220	0.217	0.217	0.216	0.216	0.215	0.215	0.214
LDA	t-test	40	0.204	0.217	0.209	0.208	0.207	0.206	0.206	0.206	0.205	0.205	0.205
LDA	RELIEF	20	0.213	0.239	0.225	0.222	0.219	0.218	0.218	0.217	0.216	0.216	0.216
LDA	RELIEF	40	0.203	0.218	0.210	0.207	0.206	0.206	0.205	0.205	0.205	0.205	0.205
3NN	t-test	20	0.230	0.281	0.246	0.241	0.235	0.234	0.231	0.231	0.230	0.229	0.229
3NN	t-test	40	0.228	0.274	0.241	0.235	0.231	0.229	0.228	0.227	0.226	0.226	0.225
3NN	RELIEF	20	0.234	0.282	0.248	0.242	0.238	0.236	0.234	0.234	0.233	0.233	0.232
3NN	RELIEF	40	0.227	0.271	0.241	0.235	0.231	0.229	0.227	0.227	0.226	0.225	0.225
CART	t-test	20	0.259	0.297	0.263	0.256	0.250	0.247	0.246	0.244	0.243	0.242	0.242
CART	t-test	40	0.257	0.294	0.258	0.252	0.245	0.244	0.242	0.240	0.239	0.239	0.237
CART	RELIEF	20	0.263	0.299	0.265	0.258	0.253	0.250	0.247	0.247	0.245	0.245	0.244
CART	RELIEF	40	0.256	0.293	0.260	0.253	0.245	0.244	0.241	0.240	0.239	0.239	0.238
NNET	t-test	20	0.252	0.293	0.246	0.240	0.230	0.230	0.225	0.224	0.223	0.222	0.221
NNET	t-test	40	0.226	0.256	0.225	0.219	0.215	0.213	0.212	0.210	0.210	0.209	0.209
NNET	RELIEF	20	0.255	0.298	0.248	0.240	0.233	0.232	0.229	0.228	0.226	0.225	0.224
NNET	RELIEF	40	0.230	0.260	0.227	0.220	0.216	0.213	0.213	0.212	0.211	0.210	0.209

Bold-face type indicates the values that are smaller for the ensemble classifier as compared to a single classifier at a 99% significance level, according to the one-tailed paired t-test.

Back to article page