EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology

Table 2 MINET results: noise stands for Gaussian additive noise, NA for missing values, eqf for equal frequency, and eqw for equal width In bold face maximum -scores and significantly not different values.

From: On the Impact of Entropy Estimation on Transcriptional Regulatory Network Inference Based on Mutual Information

Method		MRnet
Estimator		No noise, no NA	Noise, no NA	No noise, NA	Noise, NA
Pearson		0.2006	0.1691	0.1790	0.1611
Spearman		0.3230	0.1771	0.1464	0.1333
Emp	eqf	0.3420	0.1551	0.1136	0.0868
Emp	eqw	0.2028	0.1650	0.1036	0.0822
MM	eqf	0.3396	0.1524	0.1140	0.0924
MM	eqw	0.1909	0.1592	0.1068	0.0883
Shr	eqf	0.3306	0.1506	0.1150	0.0788
Shr	eqw	0.1935	0.1574	0.1090	0.0839
		Aracne
Pearson		0.1117	0.1082	0.1054	0.1069
Spearman		0.1767	0.1156	0.1167	0.1074
Emp	eqf	0.1781	0.1042	0.0993	0.0765
Emp	eqw	0.1287	0.1082	0.0892	0.0727
MM	eqf	0.1786	0.1032	0.0985	0.0783
MM	eqw	0.1217	0.1049	0.0931	0.0767
Shr	eqf	0.1736	0.1000	0.1009	0.0697
Shr	eqw	0.1152	0.1045	0.0898	0.0717
		CLR
Pearson		0.2242	0.1941	0.2231	0.1911
Spearman		0.2197	0.1915	0.1806	0.1582
Emp	eqf	0.2123	0.1729	0.1847	0.1397
Emp	eqw	0.2098	0.1724	0.1799	0.1327
MM	eqf	0.2128	0.1729	0.1860	0.1427
MM	eqw	0.2083	0.1723	0.1845	0.1384
Shr	eqf	0.2096	0.1670	0.1864	0.1311
Shr	eqw	0.2030	0.1659	0.1822	0.1333

Back to article page