Is Bagging Effective in the Classification of Small-Sample Genomic and Proteomic Data?

Vu, TT; Braga-Neto, UM

doi:10.1155/2009/158368

EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology

Table 3 Expected classification error of selected experiments for prostate cancer protein-abundance data under two different features selection methods (t-test and RELIEF) for p = 2.

From: Is Bagging Effective in the Classification of Small-Sample Genomic and Proteomic Data?

Rule	FS		Single
DLDA	t-test	20	0.188	0.211	0.199	0.196	0.194	0.194	0.193	0.192	0.191	0.191	0.191
DLDA	t-test	40	0.187	0.207	0.196	0.194	0.192	0.191	0.191	0.191	0.190	0.190	0.189
DLDA	RELIEF	20	0.468	0.523	0.492	0.484	0.477	0.475	0.471	0.472	0.469	0.467	0.466
DLDA	RELIEF	40	0.458	0.502	0.477	0.474	0.465	0.469	0.465	0.463	0.462	0.463	0.460
LDA	t-test	20	0.212	0.241	0.225	0.222	0.219	0.218	0.216	0.216	0.215	0.215	0.215
LDA	t-test	40	0.198	0.224	0.210	0.208	0.205	0.204	0.203	0.202	0.202	0.202	0.201
LDA	RELIEF	20	0.422	0.492	0.449	0.435	0.426	0.426	0.422	0.419	0.417	0.415	0.410
LDA	RELIEF	40	0.416	0.479	0.440	0.433	0.426	0.421	0.420	0.418	0.416	0.415	0.413
3NN	t-test	20	0.187	0.251	0.203	0.195	0.192	0.189	0.187	0.187	0.186	0.185	0.185
3NN	t-test	40	0.153	0.208	0.168	0.162	0.158	0.156	0.154	0.153	0.152	0.152	0.151
3NN	RELIEF	20	0.268	0.355	0.307	0.299	0.287	0.284	0.280	0.278	0.277	0.276	0.275
3NN	RELIEF	40	0.222	0.283	0.248	0.239	0.233	0.231	0.229	0.228	0.226	0.226	0.224
CART	t-test	20	0.232	0.247	0.223	0.218	0.213	0.210	0.209	0.209	0.208	0.209	0.208
CART	t-test	40	0.213	0.219	0.198	0.194	0.189	0.189	0.187	0.185	0.185	0.185	0.184
CART	RELIEF	20	0.244	0.284	0.259	0.256	0.251	0.249	0.247	0.245	0.244	0.244	0.243
CART	RELIEF	40	0.222	0.250	0.233	0.229	0.226	0.225	0.224	0.223	0.223	0.223	0.221
NNET	t-test	20	0.297	0.300	0.271	0.266	0.260	0.259	0.256	0.256	0.254	0.254	0.253
NNET	t-test	40	0.277	0.274	0.254	0.248	0.244	0.244	0.240	0.241	0.239	0.239	0.239
NNET	RELIEF	20	0.345	0.382	0.337	0.324	0.318	0.314	0.313	0.313	0.312	0.309	0.307
NNET	RELIEF	40	0.329	0.348	0.312	0.303	0.295	0.294	0.290	0.290	0.290	0.288	0.289

Bold-face type indicates the values that are smaller for the ensemble classifier as compared to a single classifier at a 99% significance level, according to the one-tailed paired t-test.

Back to article page