Is Bagging Effective in the Classification of Small-Sample Genomic and Proteomic Data?

Vu, TT; Braga-Neto, UM

doi:10.1155/2009/158368

EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology

Table 2 Expected classification error of selected experiments for lung cancer gene-expression data under two different features selection methods (t-test and RELIEF) for .

From: Is Bagging Effective in the Classification of Small-Sample Genomic and Proteomic Data?

Rule	FS		Single
DLDA	t-test	20	0.190	0.191	0.190	0.190	0.189	0.190	0.189	0.189	0.190	0.190	0.190
DLDA	t-test	40	0.186	0.187	0.186	0.186	0.186	0.186	0.186	0.186	0.186	0.186	0.186
DLDA	RELIEF	20	0.235	0.253	0.238	0.239	0.235	0.236	0.233	0.233	0.234	0.232	0.233
DLDA	RELIEF	40	0.207	0.212	0.209	0.208	0.207	0.207	0.207	0.207	0.207	0.207	0.206
LDA	t-test	20	0.201	0.206	0.203	0.203	0.202	0.202	0.203	0.202	0.202	0.202	0.203
LDA	t-test	40	0.192	0.194	0.193	0.193	0.193	0.193	0.192	0.192	0.193	0.192	0.192
LDA	RELIEF	20	0.262	0.295	0.274	0.271	0.265	0.265	0.263	0.263	0.260	0.261	0.261
LDA	RELIEF	40	0.208	0.223	0.214	0.213	0.212	0.212	0.210	0.211	0.210	0.210	0.208
3NN	t-test	20	0.122	0.151	0.130	0.126	0.124	0.123	0.122	0.121	0.121	0.121	0.120
3NN	t-test	40	0.123	0.147	0.129	0.127	0.125	0.124	0.123	0.123	0.122	0.122	0.121
3NN	RELIEF	20	0.247	0.334	0.265	0.258	0.249	0.248	0.246	0.247	0.244	0.244	0.243
3NN	RELIEF	40	0.232	0.317	0.252	0.243	0.238	0.235	0.234	0.233	0.232	0.231	0.230
CART	t-test	20	0.160	0.182	0.161	0.155	0.152	0.151	0.150	0.149	0.148	0.148	0.147
CART	t-test	40	0.156	0.177	0.155	0.150	0.146	0.145	0.144	0.143	0.142	0.142	0.142
CART	RELIEF	20	0.297	0.302	0.280	0.274	0.269	0.267	0.266	0.264	0.263	0.262	0.263
CART	RELIEF	40	0.297	0.297	0.273	0.268	0.263	0.261	0.260	0.258	0.257	0.257	0.256
NNET	t-test	20	0.216	0.244	0.235	0.232	0.231	0.229	0.228	0.228	0.227	0.227	0.226
NNET	t-test	40	0.195	0.232	0.215	0.212	0.208	0.207	0.205	0.204	0.203	0.202	0.202
NNET	RELIEF	20	0.239	0.257	0.247	0.247	0.244	0.242	0.242	0.241	0.242	0.242	0.241
NNET	RELIEF	40	0.231	0.252	0.242	0.241	0.238	0.236	0.235	0.234	0.234	0.235	0.233

Bold-face type indicates the values that are smaller for the ensemble classifier as compared to a single classifier at a 99% significance level, according to the one-tailed paired t-test.

Back to article page